Prefekten har en verkställande funktion och ansvaret för den dagliga verksamheten. Prefektens ansvarsområden och befogenheter styrs genom Naturvetenskapliga fakultetens delegationsordning och Lunds Tekniska Högskolas arbets- och delegationsordning. Enligt delegationen ska prefekten leda och utveckla verksamheten samt ansvara för institutionens resurser. Prefekten kan i sin tur delegera vissa uppgifter vidare.

Den ställföreträdande prefekten har ett särskilt ansvar för grundutbildningen, men ersätter även prefekten när det behövs.
Den biträdande prefekten har ett särskilt ansvar för jämställdhets- och likabehandlingsarbetet på institutionen.

Prefektens arbetsgrupp

Prefektens arbetssgrupp fungerar som stöd och rådgivare till prefekten. Gruppen träffas på tisdagar.

Prefektens arbetssgrupp utgörs av prefekten, biträdande prefekter, institutionens administrativa chef och ekonomichef samt studierektor för grundutbildning och studierektor för forskarutbildning.